เหตุการณ์สังหารหมู่นักศึกษาในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อวันที่ 6 ตุลาคม 2519 นอกจากจะนำมาสู่การเสียชีวิตและได้รับบาดเจ็บจำนวนมาก รวมถึงการที่คนหนุ่มสาวที่รอดชีวิตจากการปราบปรามครั้งนั้นต้องเดินเข้าสู่ป่า เข้าร่วมกับพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย (พคท.) เป็นจำนวนหลายพันคน ยังนำมาสู่การพลัดที่นาคาที่อยู่ของคนจำนวนหนึ่งที่ถูกใส่ร้ายและไล่ทำลาย
ศาสตราจารย์ ดร.ป๋วย อึ๊งภากรณ์ อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ คือหนึ่งในนั้น ป๋วยเดินทางออกจากสนามบินดอนเมือง เพื่อหลบหนีการลอบทำร้ายโดยขบวนการฝ่ายขวาเป็นเวลาหลายปี จนกระทั่งวันที่ 20 ตุลาคม 2521 หลังเหตุการณ์ล้อมปราบ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดยสภามหาวิทยาลัย มีมติมอบปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ให้แก่ ป๋วย อึ๊งภากรณ์
หนังสือพิมพ์ มติชน ฉบับวันที่ 20 ตุลาคม 2521 รายงานว่า นายป๋วย อึ๊งภากรณ์ อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้มีโทรเลขมาถึงมหาวิทยาลัย โดยปฏิเสธที่จะรับพระราชทานปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ โดยระบุเหตุผลว่า
ประการแรก เหตุการณ์วันที่ 6 ตุลาคม 2519 ได้ส่งผลกระทบกระเทือนต่อนายป๋วยเอง และข้อเท็จจริงยังไม่ได้รับการเปิดเผย แม้ว่าจะมี พ.ร.บ.นิรโทษกรรมอดีตจำเลยทั้งหมดก็ตาม แต่ขณะนี้ยังมีนักศึกษาอีกจำนวนมากออกไปอยู่ในชนบท จึงยังไม่ถือเป็นข้อยุติได้
ประการที่สอง นายป๋วยระบุว่า เสรีภาพทางวิชาการของมหาวิทยาลัยในประเทศไทยยังมีไม่พอตามที่เคยตั้งใจไว้ว่าจะให้มี
ประการที่สาม ประเทศไทยยังไม่เป็นประชาธิปไตย
“ท่านจะมีจดหมายมาแถลงเป็นทางการอีกครั้งหนึ่ง ตอนนี้ท่านส่งโทรเลขมาให้มหาวิทยาลัยทราบแล้ว” แหล่งข่าวผู้ใกล้ชิดนายป๋วยกล่าวกับมติชน
ด้าน นายประภาศน์ อวยชัย อธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในเวลานั้น กล่าวกับ มติชน ว่า ตนได้รับโทรเลขด่วนจากนายป๋วยเมื่อวันที่ 16 ตุลาคม 2521 เท่าที่จำข้อความได้ นายป๋วยเขียนว่ารู้สึกเป็นเกียรติ แต่ไม่สามารถมารับได้ แต่จะมีจดหมายตามมา โดยไม่ได้ให้เหตุผลอะไร อธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์กล่าวว่า การอนุมัติปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ให้แก่นายป๋วย เป็นมติจากที่ประชุมคณบดีทุกคณะและสภามหาวิทยาลัยเห็นชอบด้วย ทางมหาวิทยาลัยจึงเป็นผู้ดำเนินการติดต่อแจ้งไปยังนายป๋วยที่ประเทศอังกฤษ เพราะเห็นว่าเป็นบุคคลที่มีความรู้ ความสามารถ ทำประโยชน์ด้านวิชาการแก่มหาวิทยาลัยเป็นอย่างมาก
อนึ่ง ในข่าวเดียวกัน ได้กล่าวถึงกรณีการก่อตั้ง มูลนิธิป๋วย อึ๊งภากรณ์ ซึ่ง นายไตรรงค์ สุวรรณคีรี รักษาการนายกสมาคมเศรษฐศาสตร์ธรรมศาสตร์ กล่าวว่า ตนเห็นด้วยที่ตั้งมูลนิธิดังกล่าวขึ้น เพราะนายป๋วยเป็นคนดี ไม่เคยด่างพร้อย การถูกกล่าวหาว่าเป็นคอมมิวนิสต์เป็นเรื่องการเมือง แต่นายป๋วยเป็นคนที่ซื่อสัตย์สุจริต ไม่เคยคอร์รัปชัน ควรให้อนุชนรุ่นหลังเอาอย่าง
กล่าวได้ว่า ระหว่างที่ลี้ภัยทางการเมืองไปพำนักอยู่ต่างประเทศ ป๋วย อึ๊งภากรณ์ เดินทางไปชี้แจงข้อเท็จจริงกรณีอาชญากรรมในวันที่ 6 ตุลาคม 2519 แก่รัฐบาลและบุคคลสำคัญต่างๆ ในหลายประเทศ อาทิ อังกฤษ สหรัฐอเมริกา ฝรั่งเศส เยอรมนี สวีเดน เดนมาร์ก ญี่ปุ่น และออสเตรเลีย โดยระบุความปรารถนาของเขาว่า ต้องการให้ประเทศกลับคืนสู่ระบอบประชาธิปไตย
โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ในปี 2520 เขาเดินทางไปให้การต่อคณะกรรมการวิเทศสัมพันธ์ สภาผู้แทนราษฎรของสหรัฐอเมริกา ในขั้นตอนสืบพยานกรณีสิทธิมนุษยชนในประเทศไทย อันเนื่องมาจากเหตุการณ์ 6 ตุลาฯ ซึ่งเป็นการให้ข้อเท็จจริงของ ป๋วย อึ๊งภากรณ์ ที่สำคัญครั้งหนึ่ง เขาระบุถึงการก่อกวนมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดยบทบาทของขบวนการฝ่ายขวาที่ทำลายประชาธิปไตย รวมไปถึงข้อเท็จจริงจากการที่ตนเองถูกทำร้ายในวันที่ 6 ตุลาคม 2519
กล่าวได้ว่า ในช่วงเวลาที่พำนักอยู่ต่างประเทศ ป๋วยใช้เวลาและความพยายามอย่างมากไปกับการเดินสายชี้แจงให้นานาชาติรับรู้เหตุการณ์ในไทย กรณีนี้รวมถึงความพยายามสื่อสารกับลูกศิษย์ในขณะที่ตนเองอยู่ในภาวะป่วย ซึ่งในการปาฐกถา ‘นิติรัฐอภิสิทธิ์และราชนิติธรรม’ โดย ธงชัย วินิจจะกูล ในวันที่ 9 มีนาคม 2563 ธงชัยเปิดเผยจดหมายที่เขาได้รับจากอาจารย์ป๋วยระบุว่า
“เรียน คุณธงชัย
ประชาธิปไตย เสรีภาพ ของประชาชน
ความสันติสุขและผาสุกของประชาชนเป็นสิ่งที่ผมปรารถนา
รักและคิดถึง
ป๋วย”
ป๋วย อึ๊งภากรณ์ ต้องลี้ภัยอยู่ต่างประเทศและอยู่ในสภาวะฟื้นฟูร่างกายจากอาการเส้นเลือดในสมองแตก จนกระทั่งวันที่ 1 เมษายน 2530 ป๋วยเดินทางกลับมาเมืองไทย ท่ามกลางการต้อนรับของมิตรสหาย ญาติมิตร ลูกศิษย์ และอดีตเพื่อนร่วมงานของเขาจำนวนนับพันคน
ปี 2558 ป๋วยได้รับการยกย่องจากองค์การยูเนสโกให้เป็นบุคคลสำคัญของโลก ขณะเดียวกันเหตุการณ์ความรุนแรงในวันที่ 6 ตุลาคม 2519 ยังไม่มีการนำตัวผู้กระทำความผิดมาลงโทษจนถึงปัจจุบัน